Die fünfzehnjährige Clarissa Fray ist mit ihrem besten Freund Simon in einem Nachtclub unterwegs, als sie beobachtet, wie einige Jugendliche Messer zücken und einem anderen in einen Lagerraum folgen. Während Simon den Sicherheitsdienst holt, ignoriert Clary die Gefahr für sich selbst und betritt ebenfalls den Lagerraum. Hier wird sie Zeuge eines Mordes. Zwei Jungs, Jace und Alec und das Mädchen Isabelle befragen und töten ein Wesen, das anfangs menschlich wirkte, doch sich nach seinem Tod völlig auflöst. Laut Jace war es ein Dämon, was Clary jedoch nicht glauben will. Als Simon mit Jemanden von der Sicherheit den Raum betritt, kann niemand außer ihr die anderen drei Jugendlichen hören oder sehen. Frustriert verlässt sie mit Simon den Nachtclub.
Am nächsten Tag teilt ihr ihre Mutter mit, dass sie den Rest ihrer Sommerferien zusammen mit ihrem Freund Luke auf einer Farm außerhalb New Yorks verbringen werden. Clary ist aufgebracht und will sich die Erklärung ihrer Mutter nicht mal anhören. Zusammen mit Simon geht sie stattdessen in ein Cafe. Hier taucht plötzlich wieder Jace auf und erzählt ihr, dass er sie zu seinem Tutor Hodge in ein Institut bringen soll. Ob sie will oder nicht. Doch bevor es dazu kommt, erhält Clary einen Anruf ihrer Mutter. Etwas Schreckliches passiert gerade in ihrer Wohnung, sie soll auf keinen Fall nach Hause kommen.
Natürlich widersetzt sie sich dem Wunsch ihrer Mutter und eilt sogleich heim. Hier findet sie eine verwüstete Wohnung und ein dämonisches Monster vor, das sie angreift. Zwar kann sie den Dämonen gerade so töten, erleidet dabei jedoch eine Vergiftung. Jace, der ihr gefolgt ist, findet sie und bringt sie ins Institut, wo sie drei Tage zwischen Leben und Tod schwebt. Als sie erwacht, lernt sie endlich Hodge Starkweather kennen. Von ihm erfährt sie ein wenig mehr über die Shadowhunter, die für Normalsterbliche unsichtbar agierenden Dämonenjäger, in deren Adern auch Engelsblut fließt. Durch einen über tausend Jahre zurückliegenden Pakt mit dem Engel Raziel erlangen sie durch das Trinken aus dem Mortal Cup zu ihren Fähigkeiten. Der Kelch wurde jedoch angeblich vom abtrünnigen Shadowhunter Valentine zerstört, so dass ihre Anzahl drastisch schwindet, da keine neuen Mitglieder rekrutiert werden können. Im Institut halten sich daher neben Hodge auch nur noch Jace, Alec und seine Schwester Isabelle auf.
Um einen Anhaltspunkt dafür zu finden, warum die Dämonen so ein großes Interesse an Clary und ihrer Mutter zeigen, kehren sie und Jace erneut zurück in ihre Wohnung. Diese wurde jedoch komplett leergeräumt. Zurückgeblieben ist nur ein Riese, der die Wohnung bewacht. Erneut kommt es zum Kampf. Doch diesmal stellt sich Jace der Herausforderung. Nachdem er den Riesen besiegt hat, treffen die Beiden auf Clarys Nachbarin, Madame Dorothea, die im unteren Stockwerk des Hauses ihren Wahrsagertätigkeiten nachgeht. Von ihr erfahren sie, dass Clarys Mutter früher auch ein Shadowhunter war und das Haus als Zufluchtsort gewählt hat, weil sich in Madame Dorotheas Appartment ein Portal befindet. Durch dieses wollte sie zusammen mit Clary fliehen, falls sie Valentine jemals finden sollte. Als sich Clary das Portal ansehen will, fällt sie hindurch. Jace eilt ihr nach und gemeinsam landen sie vor Lukes Haus, das ausgerechnet von Simon beobachtet wird. Luke hat sich ihm gegenüber sehr merkwürdig verhalten und ihm erzählt, dass Clary verreist sei. Um Lukes wahren Absichten auf die Spur zu kommen, beschließen die Drei sein Haus zu durchsuchen.
Mit City of Bones führt Cassandra Clare erstmalig in ihre Urban Fantasy-Welt ein. Im Zentrum steht ein New York das ohne das Wissen der menschlichen Bevölkerung von vielen Übernatürlichen Wesen bevölkert wird, eine eigene Parallelgesellschaft bilden. Ihre jugendlichen Charaktere kommen überzeugend rüber und entwickeln sich im Verlauf der Geschichte noch etwas weiter. Während Jace, Alec und Isabelle mit der übernatürlichen Welt aufgewachsen sind, kommt sie für Clary und Simon als große Überraschung. Zusammen mit dem Leser machen sie stetig neue und faszinierende Entdeckungen und lassen sich so immer mehr auf das Unbekannte ein. Clarys Hauptmotivation ist dabei die Suche nach ihrer verschwundenen Mutter. Auf dem Weg erfährt sie dabei viel über deren und ihre eigene Vergangenheit, was sie sich nie hätte träumen können. Das macht auch den Leser neugierig und man möchte immer mehr über die Geschichte und die Beziehungen der verschiedenen Charaktere erfahren, so dass man auch selbst schon nach wenigen Seiten mitgerissen wird.
